Kogenerácia je proces, kedy sa vzniknutý bioplyn využíva ako pohon pre spaľovací motor poháňajúci generátor pre výrobu elektrickej energie. Odpadné teplo z chladenia motora a výfukových plynov je možné využiť na vykurovanie. K tomuto účelu slúžia kogeneračné jednotky. Práve súbežná produkcia elektriny a tepla je hlavnou výhodou kogenerácie. Dochádza tak k vyššej účinnosti využitia bioplynu. Elektrická energia sa využíva pre potreby vlastnej bioplynovej stanice, pre potreby poľnohospodárskeho podniku alebo na predaj do verejnej rozvodnej siete.

Vyrobené teplo sa využíva čiastočne (zhruba 25%) na ohrev fermentorov. Zvyšok je možné využiť na vykurovanie budov, skleníkov, dielní, maštalí, a pod.

Demonštračné bioplynové zariadenie na Slovensku je vybudované vo Vysokoškolskom poľnohospodárskom podniku (VPP) SPU v Kolíňanoch pri Nitre. Do prevádzky bolo uvedené v roku 2000. Je naprojektované na využitie exkrementov od 80 veľkých dobytčích jednotiek (VDJ) k produkcii bioplynu a následne na kogeneračnú výrobu elektrickej (22 kWel) a tepelnej energie (45 kWt).